一种基于预测结构的单颗粒衍射成像重构算法

科技
2024-06-28
分享

来源:物理研究所

21世纪生命科学迅猛发展,对生物大分子的结构研究在世界各地兴起,冷冻电镜是个当仁不让的先锋,而自由电子激光衍射分析则是责无旁贷的主力军。X射线自由电子激光作为第四代光源的代表,具有超短脉冲、超高亮度等特点,能够适用于常温常压下生物大分子颗粒动态过程的研究,在接近真实的环境下,探究生命的奥秘。然而,由于单颗粒衍射数据存在信噪比低、衍射图数量少、低分辨率数据缺失等问题,数据处理和结构解析仍存在严峻的挑战,国内在该领域的研究工作,尚处于起步阶段。   

近日,中国科学院物理研究所/北京凝聚态物理国家研究中心软物质物理实验室SM6组的丁玮研究团队与高能物理所耿直工程师合作,以博士生焦志超为主要研发力量,提出了一种基于预测结构的单颗粒衍射成像重构算法。该算法在传统重构算法的基础上,引入了蛋白质分子的预测结构,作为单颗粒衍射取向解析和相位恢复的初始三维强度和相位,并利用迭代算法优化衍射图取向和三维衍射强度的相位,直至收敛。测试结果表明,该算法能够大幅提升取向解析和相位恢复算法的收敛速度,并显著提高信噪比低、数量少、低分辨率数据缺失严重等困难数据的结构解析成功率。该算法的理论分析与代码实现完全由国内科学家独立完成,具有核心的知识产权,填补了国内在该领域的技术空白。

这一成果近期以“A predicted model-aided reconstruction algorithm for X-ray free-electron laser single-particle imaging”为题,发表在IUCrJ期刊上。物理所为第一完成单位,丁玮工程师和耿直工程师为本文的通讯作者,博士生焦志超为本文的第一作者,参与工作的还有纽约大学阿布扎比分校科学家何尧、物理所博士生付兴科和香港大学博士生张鑫,此外物理所博士生王宾堂、程渊淏和李增茹参与了该工作的讨论。该工作获得了国家自然科学基金和中国科学院的支持。

THE END
广告、内容合作请点击这里 寻求合作
免责声明:本文系转载,版权归原作者所有;旨在传递信息,不代表科技强国-强国网的观点和立场。

相关热点

近期,中国科学院上海光学精密机械研究所高功率激光元件技术与工程部魏朝阳研究员团队在激光高精度抛光机理及工艺研究中取得新进展。研究揭示了...
科技
近期,中国科学院上海光学精密机械研究所超强激光科学与技术全国重点实验室研究团队与海军军医大学高瑞教授团队合作,在病原菌快速检测技术领域...
科技
近期,中国科学院上海光学精密机械研究所超强激光科学与技术全国重点实验室研究团队提出了一种基于双激光脉冲干涉的新型高亮度X射线源产生方案。...
科技
近期,安光所谢品华研究员团队在国际环境领域TOP期刊《环境科学与技术》(Environmental Science & Technology)发表文章(以中国华北平原与...
科技
半导体材料因丰富可调的功能特性得到广泛应用,但室温下通常表现为脆性,难以像金属一样进行简单高效的塑性加工,而是广泛依赖一系列高度精细制...
科技

相关推荐

1
3